Kaip konvertuoti TXT failą į FASTA formatą

Kas yra FASTA formatas?

FASTA formatas – tai plačiai naudojamas tekstinis formatas baltymų ir nukleotidų sekų saugojimui. Kiekviena seka prasideda aprašomuoju eilute, kuri prasideda ženklu >, po kurio seka unikalus aprašymas. Toliau seka pačios sekos duomenys, kurių eilutės dažniausiai neviršija 80 simbolių. Kodavimas atitinka IUB/IUPAC standartą.

Žingsniai, kaip konvertuoti TXT į FASTA

1. Atverkite tekstinį failą. Naudokite bet kurį teksto redaktorių, pvz., Notepad arba Notepad++.
2. Pridėkite aprašymo eilutę. Įrašykite eilutę, prasidedančią >, pvz.:
   >gi|129295|sp|P01013|OVAX_CHICK GENE X PROTEIN (OVALBUMIN-RELATED)
   Ši eilutė suteikia unikalų aprašymą sekai.
3. Įrašykite sekos duomenis. Užtikrinkite, kad naudojami tik IUB/IUPAC standartiniai simboliai (A, C, G, T, Q, E ir kt.). Pavyzdžiui:
   QIKDLLVSSSTDLDTTLVLVNAIYFKGMWKTAFNAEDTREMPFHVTKQESKPVQMMCMNNSFNVATLPAE
4. Laikykitės 80 simbolių eilutės ilgio. Jei sekos eilutė ilgesnė, įterpkite line break po 80 simbolių.
5. Išsaugokite failą. Pasirinkite „File → Save“ ir įsitikinkite, kad failo plėtinys yra .fasta arba .txt (turintis FASTA struktūrą).

Patarlės

• Naudokite teksto redaktorių, turintį sintaksės paryškinimą, kad lengviau pastebėtumėte klaidas.
• Patikrinkite, ar visi simboliai atitinka IUB/IUPAC kodų lentelę.
• Jei turite kelias sekas, kartokite aprašymo eilutės ir sekos duomenų blokų įterpimą.