Mikrobiologijos programinė įranga: įrankiai ir galimybės

Be mikroskopų ir Petri indelių, kompiuteriai yra nepakeičiama mikrobiologų priemonė. Mikro‑biologijos tyrimams naudojama programinė įranga apima tiek bendrų mokslinių ir inžinerinių disciplinų įrankius, tiek specializuotas programėles, skirtas bakterijų ir kitų mikroorganizmų tyrimams. Daug programų, sukurtų vyriausybinėmis agentūromis, ne pelno siekiančiomis organizacijomis ar akademiniais tyrėjais, yra prieinamos kaip nemokama programinė įranga, kurią galite atsisiųsti ir naudoti pagal eksperimentų ar laboratorijos poreikius.

Duomenų vizualizacijos įrankiai

Fizinė arba mentalinė žaliųjų duomenų nuotrauka padeda geriau suprasti jų kokybę, svarbą ir pasekmes. Atviro kodo ir komercinės duomenų vizualizacijos programos plačiai naudojamos mikrobiologijoje. Diagramas ir grafikus galite kurti naudodami LibreOffice Calc, Microsoft Excel arba Mondrian duomenų vizualizacijos sistemą. Programos Cell‑O ir RasMol leidžia kurti 2D ir 3D animacijas biologiniu požiūriu svarbių molekulų, pvz., baltymų ir aminorūgščių.

Matematinis modeliavimas

Didelės mikrobiologinių duomenų rinkinių analizė suteikia prasmingesnę informaciją, kai duomenys apdorojami skaitine forma. MATLAB, Octave ir SciPy paketai atlieka matematinį duomenų tobulinimą, analizę ir modeliavimą. Su šiais įrankiais galite atlikti parametrų įvertinimą per kreivių pritaikymą, epidemiologines prognozes, bakterijų augimo simuliacijas bei triukšmo ar stokastinių efektų pašalinimą. Programos taip pat teikia statistines skaičiavimų galimybes, tokias kaip variacijos analizė ar Chi‑kvadrato testai.

Genomo bioinformatika

Programos mikrobiologijoje padeda vizualizuoti ir išgauti informaciją iš nukleorūgščių sekų, kurios sudaro mikroorganizmų DNR. Atvirosios bioinformatikos fondo teikiamos nemokamos programos, tokios kaip BioJava ir Biopython, leidžia išgauti duomenis iš genomo duomenų bazių, analizuoti organizmo DNR kodą ir lyginti jį su kitais mėginiais. Kiti populiarūs genomo analizės paketai: EMBOSS, HMMER, Clustal Omega, Phylogeny Inference Package (PHYLIP) ir Sequence Manipulation Suite (SMS).

Referencinė programinė įranga

Greitai besivystanti mikrobiologijos mokslų sritis ir nuolat kintantys vyriausybiniai reglamentai reikalauja, kad mokslininkai turėtų greitą prieigą prie svarbios informacijos. Komercinė HUGO programa teikia aktualią informaciją apie įrankius, chemines medžiagas, įrangą, auginimo terpę, saugos reikalavimus, naujus organizmus, taksonomijos pakeitimus ir antibiotikus. Maisto mokslų specialistai gali naudotis „ComBase Browser“ internetine programa, kuri suteikia prieigą prie maisto mikrobiologijos duomenų, teikiamų vyriausybinėmis institucijomis JK, Australijoje ir JAV.